La nación de Grand Chien está en crisis. Elpresidente electo ha sido secuestrado y su hija, Emma LaFontaine, trata de rescatarlo a él, y a toda la nación, con la ayuda de guerreros experimentados y mercenarios experimentados. Aquí es donde los jugadores tomarán el control: tienen que establecer un ejército mercenario, entrenar a la milicia local y liberar Grand Chien sector por sector. Tendrás que asegurarte de obtener suficientes recursos y dinero, para mantener tu campaña en marcha, proporcionar a tus luchadores un mejor equipo y curarlos, si es necesario.
Jagged Alliance 3 combina intensos combates tácticos por turnos con una campaña estratégica general y muchos elementos de RPG. Tus mercenarios ganarán experiencia y aprenderán nuevas habilidades, encontrarán botín o crearán nuevas armas, y la exploración también es muy importante. Encontrar los mejores mercenarios para cada trabajo es fundamental: preferirías que un experto en explosivos intente desactivar esa mina allí, en lugar de tu médico, ¿verdad?